Den nedåtgående trenden för Helsingfors Energis utsläpp som pågått ett par år bröts 2006. Den viktigaste orsaken var att stenkolsförbrukningen ökade med 57 procent från 2005. Användningen av naturgas var så gott som oförändrad. Bakgrunden till den ökade efterfrågan på el var vattenläget i Norden, som minskade utbudet av vattenkraft på marknaden.

Helsingfors Energis koldioxidutsläpp ökade med  från 2005.  De specifika koldioxidutsläppen från den sålda energin ökade med ca 15 procent till 320 g CO2/kWh. Under 2000-talet har det specifika utsläppet varierat mellan 260–330 g CO2/kWh. Under det internationella jämförelseåret 1990 var Helsingfors Energis koldioxid specifika utsläppet 400 g CO2/kWh.

I ton ökade mängderna försurande utsläpp av svaveldioxid och kväveoxider från 2005 till 2006, svaveldioxiden nästan fördubblades och kväveoxiderna ökade med en dryg tredjedel. De tillståndsgränser som fastställts utifrån de specifika utsläppen underskreds dock med klar marginal och i ton överskred utsläppen inte nivån under toppåret 2003.

År 2006 var Helsingfors Energis partikelutsläpp 290 ton. Under 2000-talet har de här utsläppen varierat mellan 270–720 ton per år. Mikropartikelutsläppen rasade redan i början av 1990-talet.

Utbyggd fjärrvärme, införande av tekniska metoder för begränsning av utsläppen och ibruktagning av naturgas i stor skala har förbättrat luftkvaliteten i Helsingfors med avseende på energiproduktionens effekter, och luftkvaliteten var fortsatt god under 2006.

Tack vare fjärrvärmen har den relativt obetydliga värmebelastningen på havsvattnet inte varit observerbar vid den obligatoriska kontrollen av havsvattnet under de gångna årtiondena. Värmebelastningen ökade, men nådde dock inte upp till samma nivå som under toppåret 2003 (2200 GWh). År 2006 var värmeutsläppen till havet ca 1700 GWh. År 2005 var motsvarande utsläpp 300 GWh.

Årsmedeltalet för svaveldioxidhalten på Vallgårds mätstation, vilket ger en bra bild av energiproduktionens inverkan på luftkvaliteten i Helsingfors, var 3,9 µg/m3, dvs. i stort sett detsamma som ett år tidigare. På den nuvarande nivån har variationer i svavelutsläppen ytterst liten inverkan på luftkvaliteten i Helsingfors. Det gränsvärde på 20 µg/m3 som satts upp för att skydda ekosystemet underskreds klart. Före utbyggnaden av fjärrvärmen på 1950- och 1960-talet uppmättes allmänt 10-20 gånger högre årsmedeltal för svaveldioxidhalterna i Helsingfors centrum än i dag.

Trots att Helsingfors är en av Europas renaste huvudstäder överskrids gränsvärdena eller riktvärdena för luftkvaliteten då och då i fråga om partiklar och även kväveoxider. Då är det emellertid trafiken och långdistanstransport som är orsaken. Dammigast är det på våren när snön smälter. Brandröken som transporterades hit från Ryssland under 2006 försämrade luftkvaliteten i flera veckor under våren och försommaren. I medeltal orsakas två tredjedelar av mikropartikelhalterna i Helsingfors av långdistanstransport.

För kraftverken på Sundholmen och i Nordsjö gjordes de säkerhetsutredningar som krävs enligt lagen om farliga kemikalier som baserar sig på Seveso II -direktivet. Utredningarna inlämnades till myndigheterna och skyddsinformation i samband därmed postades till invånarna i kraftverkets närmaste omgivning.
Vid den periodiska besiktning som utfördes av Säkerhetsteknikcentralen visade det sig att kraftverken på Sundholmen och i Nordsjö tekniskt var i så gott skick och de olycksförebyggande åtgärderna så högklassiga att ingen myndighetsbesiktning behövs 2007.

Området på Hanaholmen, som varit i industriellt bruk i hundra år, kommer delvis att tas i bruk för andra ändamål. Att marken är förorenad är känt från tidigare, och under verksamhetsåret började man tillsammans med myndigheterna och stadens verk närmare utreda graden av förorening.

Vid förbränning av stenkol uppstår bottenaska och flygaska och vid avsvavlingsprocessen en fast avsvavlingsprodukt. Dessa material kan bl.a. användas bl.a. inom cementindustrin och vid jordbyggnad. De totala volymerna av biprodukter vid förbränningen var större än föregående år, eftersom förbrukningen av stenkol ökade.

Av biprodukterna utnyttjades 38 %, ungefär lika mycket som året innan. När det gäller bottenaska kan man jämna ut säsong- och årsvariationerna med hjälp av ett mellanupplag i Nordsjö.